Tuo tarpu erchercogas po oficialaus valdžios pasveikinimo ir gana trumpo vizito rotušėje nutarė nuvažiuoti į ligoninę aplankyti sužeistą karininką. Jo vairuotojas pasiklydo ir išvažiavo į gatvę, kur buvo kavinė ir kur Principas laukė savo kolegų.
Per langą pamatęs atvažiuojanti automobilį, Principas išbėgo iš kavinės. Pribėgo prie siauromis gatvelėmis vos slenkančio kabrioleto ir dukart iššovė. Pirmoji kulka pataikė Pranciškui Ferdinandui į kaklą ir perplėšė arteriją. Antroji – mirtinai sužeidė Zofiją, kuri sukniubo ant vyro kelių. Erchercogas, stengdamasis ranka sulaikyti iš žaizdos trykštantį kraują, glaudė žmoną ir šaukė:
– Sofrel! Sofrel! Nemirk! Turi gyventi dėl mūsų vaikų!
Gydytojas buvo čia pat, tačiau nieko negalėjo padaryti. Karališkoji pora mirė po kelių minučių.
Principas, numetęs pistoletą ir kiek nubėgęs į šalį, pamatė, jog pabėgti nepavyks. Paskui jį bėgo erchercogo palydos karininkai, o priekyje užtvėrė kelią policininkai. Iš šono kelią užtvėrė aukšta, geležinių statinių tvora, trukdanti patekti į parką, kur galėtų išsigelbėti. Vienas policininkas nutvėrė Principą už rankos. Sis ištrūko ir įmetė į burną ciano ampulę, kurią spaudė savo delne. Perkando ją. Tuo metu policininkai ir kareiviai užlaužė jo rankas ir nutempė prie aptvėrimo stulpo. Principas nesipriešino. Buvo įsitikinęs, jog tuoj pat numirs. Bėgo sekundės. Tačiau nemirė, o ėmė smarkiai vemti. Išsivadėję nuodai neveikė. Policininkai įgrūdo besiraitantį nuo skausmo sąmokslininką į karietaitę ir nuvažiavo į miesto kalėjimą.
1914 m. liepos 4 d. Įvyko erchercogo laidotuvės. Jos buvo labai kuklios. Sosto įpėdinio ir generalinio armijos inspektoriaus į paskutinę kelionę nelydėjo armijos garbės sargyba. Palaikai ilsisi Artsteteno bažnyčioje, o ne Vienos kapucinų bažnyčios Habsburgų giminės koplyčioje.
Taigi senasis imperatorius Pranciškus Juozapas taip ir liko priešiškas savo brolėnui. Net po jo mirties neatleido už tai, kad šis prieš keletą, metų nepaklausė monarcho ir vedė paprastą grafaitę Zofiją Chotek. Vis dėlto pašnibždomis kalbėta, kad tokios pernelyg kuklios laidotuvės buvo surengtos rūmų maršalkos, kunigaikščio Alfredo Montenuovo nurodymu, kuris keršijo mirusiajam už jam padarytas skriaudas.
